1、多头管理，职权交叉
       通过对现有法律资源的梳理，发现目前有权拆除违法搭建的行政主管部门的行政主管部门众多，“拆违”有规划、土地、房屋、城管、建设、绿化、道路交通、水务、港口、市政公用事业等十多个部门在各自管辖范围内对违法搭建分头管理，职权有所交叉。
       整治违法搭建的执法主体多元化，职责、权限重叠交叉，导致在具体执法中各执法主体之间相互扯皮推诿现象严重。在“踢皮球”的过程中削弱了管理的权威，使得执法的力度产生了较大的内耗。
2、执法部门各自为政、配合不力
        对违法搭建的发现配合不力。在居住小区违法搭建管理和执法主体上，存在许多死角和盲点。镇、街道、居委会作为最基层的行政部门，与土地、房屋、规划、城管等具体业务主管部门之间缺乏有效的沟通，在发现违法搭建苗头，排摸既有违法建筑上横向联和，纵向上联动的动态发现机制上配合不力。部门与部门之间，上级与下级之间的配合不力，网格化的发现、管理、整治违法搭建齐抓共管的合力没有达到最大化。
        对违法搭建过程控制配合不力。土地管理部门如果能加强对土地违法行为的监管；规划部门如果能不姑息开发商等建设主体对既有规划的私自修改；如果建设主管部门能严厉禁止施工队承建违法搭建；如果市场管理部门能禁止主用违法建筑从事经营；如果消防部门能加强消防安全检查，坚决查处未经消防审查、验收的违法建筑；如果供水、供电、供气部门能坚决制止对违法建筑的供水、供电、供气……，对违法搭建过程中任何一个环节加以有效的控制，都有可能是违法搭建难以成型。
        对违法搭建违法后果处置配合不力。处置违法搭建的主管部门与执行主体没有建立起有效的协调机制。在上海市处理违法搭建，由土地、规划、房屋部门负责，但是拆除违法搭建由城管执法负责组织实施，工作中存在“两张皮”脱节现象。在追究土地违法责任、违法建设责任、非法获利责任等方面各部门现在现有配合，为形成强大的责任追究的行政、法律压力。